フンボルトペンギンは年に一度、全身の羽毛を生え替えます。ここノルウェーでは、これは晩夏から初秋にかけて、つまり8月か9月頃に起こります。
ペンギンは最初は体の前面が白く、腹部に黒い斑点があり、背中は真っ黒です。これは野生では非常に一般的なカモフラージュスタイルで、腹部が背中よりも明るい動物は数多くいます。夏が近づくと、ペンギンの背中の羽毛は一時的に茶色っぽくなり始め、これは羽毛が生え変わる準備ができた確かな兆候です。準備が整うと、古い羽毛が体から浮き上がり、かなり「ふわふわ」に見え、少しずつ抜け落ちていきます。この間、ペンギンはあまり水に入らなくなり、食欲も落ちますが、幸いにも数週間しか続かず、すぐに新しい羽毛が生え揃います。
ペンギンのヒナも換羽します。孵化した直後と、生後1年を少し過ぎた頃に一度ずつ換羽します。その際、ヒナの羽毛から成鳥の羽毛へと変化し、胸に特徴的な黒い縞模様が現れ、顔の色も濃くなります。