フンボルトペンギンは年に一度、すべての羽を換える。ここでは、夏の終わりから秋の初めにかけて、つまり8月から9月にかけて行われる。基本的に、体の前面は白く、腹部には黒い点々があり、背面は真っ黒になる。これは野生では非常に一般的なカモフラージュスタイルで、背中よりも腹の方が明るい動物も少なくない。夏が近づくと、ペンギンの背中の羽毛は一時的に茶色っぽくなり始める。換羽の準備が整うと、古い羽毛が体から浮き立ち、かなり「ふわふわ」した羽毛に見えるようになり、少しずつ抜け落ちていく。この間、ペンギンは水中で過ごす時間が少なくなり、食欲も落ちるが、幸いなことに数週間しか続かず、すぐに新しい羽毛に生え変わる。
ペンギンのヒナにも羽換えがある。孵化したての頃と、1歳を過ぎた頃だ。ひよこのスーツから大人のスーツに着替え、胸に特徴的な黒いストライプが入り、顔の色が濃くなる時期だ。